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박 전 원장은 2020년 9월 22일 해양수산부 공무원 이대준씨가 북한군에 피살된 상황 보고서를 무단 삭제한 혐의를 받고있다. 국정원은 자체 조사 결과 ‘이씨가 자진 월북한 것이 아니라 표류했을 가능성이 크다’는 내용의 내부 보고서를 박 전 원장이 삭제하라고 지시 했다며 지난달 박 전 원장을 대검찰청에 고발했다.
사건 발생 당시 청와대 국가안보실장이었던 서 전 원장은 당시 국방부 등에 이씨가 ‘자진 월북’한 것으로 조작하도록 지침을 내렸다는 의혹을 받고 유족 측으로부터 고발당했다. 유족 측은 “국방부는 2020년 9월 27일 국가안보실에서 지침을 하달 받았다는 내용의 보도자료를 배포했다”며 “국가안보실에서 하달한 월북 관련 지침이 있어서 (이씨의 표류가) 월북으로 조작된 것인지 파악하고자 서 전 원장을 고발한다”고 밝혔다.
당시 회의에는 서 전 장관, 박 전 원장, 서 전 원장을 비롯해 노영민 전 비서실장, 이인영 전 통일부 장관 등이 참석했다. 유족 측은 회의 직후 군사기밀이 삭제된 점에 비춰 이 과정에 서 전 장관이 개입했을 가능성이 크다고 주장하고 있다.
검찰은 지난달 초부터 국정원, 국방부, 해경 관계자들을 참고인으로 연이어 불러 피살된 이씨가 ‘자진 월북’했다고 결론 내린 경위를 집중적으로 조사해왔다. 검찰이 박 전 원장 등 사건의 핵심 인물들에 대한 대대적인 강제수사에 착수하면서 어느정도 혐의점을 포착했고 이들에 대한 소환조사도 임박했다는 관측이 나온다.
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한편 박 전 원장은 이날 압수수색 종료 후 한 방송에 출연해 “(혐의 내용상) 저는 국정원의 서버를 삭제 지시했다는데 왜 저희 집을 압수수색하느냐”며 “겁주고 망신 주려는 것이다. 국정원을 개혁한 저를 정치적 잣대로 고발하고 압수수색하는 것을 이해할 수 없다”고 반발했다. 박 전 원장은 국정원의 고발 사실이 알려진 직후부터 ‘자료를 삭제했더라도 원본이 메인 서버에 남기 때문에 부당한 삭제 지시를 할 이유가 없다’며 혐의를 재차 부인해왔다.