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감사 대상은 윤성현 남해지방해경청장(치안감·당시 본청 수사정보국장), 김태균 울산해경서장(총경·당시 본청 형사과장), 강성기 동해지방해경청장(치안감·당시 본청 정보과장), 옥현진 본청 외사과장(총경·당시 인천해경서 수사과장) 등이다.
감사원은 당사자 동의를 거쳐 디지털 포렌식을 위한 컴퓨터 하드디스크 복제 작업에 착수한 것으로 전해졌다. 사건 직후 해경을 포함해 청와대, 국방부, 해양수산부 등 관계 부처와 주고받은 이메일 및 공문 자료가 포함된다. 이를 통해 당수 수사 결과 발표가 적절했는지 따져보겠다는 취지다.
2020년 9월 ‘서해 공무원 피살 사건’ 당시 해경은 이대준 씨가 ‘자진 월북한 것으로 추정된다’고 발표했다. 그러나 윤석열 정부가 출범한 뒤 해경은 ‘자진 월북’했다고 단정할 근거를 발견하지 못했다고 입장을 번복했다. 일각에선 문재인 정부가 과도한 ‘북한 눈치보기’로 사건을 축소·왜곡한 게 아니냐는 의혹도 제기됐다.
한편, 국가정보원은 전날(6일) 문재인 정부에서 국정원장을 지낸 박지원 전 원장을 ‘서해 공무원 피격 사건’과 관련해 직권남용죄 등의 혐의로 고발했다.
일부 언론에 따르면 국정원은 이대준 씨의 ‘월북 의사’ 등을 판단하는 근거로 활용된 국정원의 일부 첩보 자료를 박 전 원장이 삭제하라고 지시한 정황을 포착한 것으로 알려졌다.